Летом 1900 года в городе произошёл конфликт с китайцами, в ходе так называемого Боксёрского восстания. Первого июля 1900 года начались военные действия Китая против России — на Амуре произошли нападения китайцев на русские суда. В Благовещенске русские жители спешно вооружались, готовясь к отражению атаки с китайской стороны и возможных враждебных действий со стороны китайцев, проживающих на территории города и области. Начался массированный обстрел города с другой стороны Амура. Он продолжался две недели. (Бомбардировка Благовещенска китайцами в 1900 году запечатлена на полотне ученика Айвазовского, А. А. Сахарова, «Оборона Благовещенска в 1900 году»). В городе участились случаи насилия над китайцами и их убийства. Военным губернатором полиции было не вполне четко озвучено решение выдворить китайцев с территории города. В самом узком месте реки (выше Благовещенска), при низкой воде, планировалось переправить их на тот берег. Но недопонимание указа и взаимное озлобление привело к тому, что конвойные казаки погнали китайцев вплавь. Многие из них плавать не умели. Свидетель этих событий Н. З. Голубцов писал: «В посёлке перевозочных средств было мало, да для толпы в две с лишним тысячи человек их нелегко было бы найти. Между тем, с того берега не переставали стрелять. Тут имел место факт переправы китайцев через Амур прямо вплавь. Конечно, немногие из них достигли своего берега, но и здесь ожидала их печальная участь: их избивали свои же.»

12 ноября 1917 года в городе были получены первые сведения о закреплении Ленина в Петрограде и тексты первых декретов советской власти. Спешно возникшие комитеты и советы рабочих и крестьян заявляют о себе, началось формирование новых органов власти. Но они стремительно меняют друг друга, а в 1918 году в Благовещенске восстал против советской власти атаман Гамов Иван Михайлович. Казаки во главе с Гамовым захватили город и арестовали весь состав Облисполкома.
После проигрыша Российской империи в 1905 году (Русско-японская война) Японии достался Сахалин. Более того, японцы предполагали обосноваться и в Приамурье. В 1919 году японцы рисовали агитационные плакаты, как японская армия оккупирует Благовещенск, а благовещенцы выходят на улицы города с японскими флагами.
Капитан Муравьев, сотрудник военно-статического отделения окружного штаба Приамурского военного округа, пишет в своём отчете о командировке в Благовещенск в марте 1919 года: «Японские войска в настоящее время расположились вдоль линии Амурской железной дороги, охраняя станции, мосты и прочие железнодорожные сооружения от нападения и порчи их большевиками. Главной базой японцев является Благовещенск, где сосредоточены их силы в составе одной бригады под командой генерала Ямада. В его распоряжении имеется также два бронированных поезда и восемь аэропланов. В случае необходимости для борьбы с большевиками отсюда выделяются отряды, посылаемые в требуемые пункты»[14].
18 мая 1920 года амурские партизаны и войска Дальневосточной республики изгнали японцев с территории Амурской области. С 1920 по 1922 годы Амурская область входила в состав Дальневосточной республики.

В ноябре 1922 года Амурская область стала губернией, и Благовещенск стал губернским центром (вплоть до марта 1926 года). Все нормы Конституции РСФСР и законодательство советской власти вступили в силу в городе только в 1924 году.
В 20-е годы в городе развивалась торговля по всем законам приграничного города — включая законный товарообмен и контрабанду. С китайской стороны в город поступал, в основном, спирт, который выменивался в тайге на золото.
С 1937 года ситуация значительно ухудшилась. Прежде всего, по причине внедряемой коллективизации сельского хозяйства, а также по причине лишения области золотопромышленной базы.
Однако именно в 30-е годы в городе был запущен завод «Амурский металлист», переоборудована спичечная фабрика, построены швейная и кондитерская фабрики.
В 30-х годах накалилась обстановка за Амуром — в Маньчжурии стали вновь активно действовать японцы, захватившие её в 1932 году. Они консолидировали свои усилия с русскими эмигрантами для захвата власти на территории Амурской области. Тогда была создана Российская фашистская партия, готовились диверсии и вылазки на территорию области.
В ходе Великой Отечественной войны Благовещенск отмечался благодарностями Верховного Главнокомандующего. Город отправлял на все фронты своих жителей — по мобилизации и добровольцами.
В августе 1945 г. 2-я Краснознамённая армия совершила переправу через Амур с целью разгрома японских мест дислокации на территории Маньчжурии. Об этом событии на набережной города напоминает памятник — бронекатер.

До конца 1980-х годов въезд для жителей других городов СССР в пограничный Благовещенск был ограничен, въезд иностранцев был воспрещен. Для посещения города требовалось приглашение друзей или родственников и специальный пропуск. Благодаря этому обстоятельству преступность в городе практически отсутствовала. Но ограничение на въезд также не способствовало приросту населения — 100 000 жителей Благовещенск набрал только к своему 100-летию в 1958 году.

В соответствии со стратегией социально-экономического развития Дальнего Востока и Байкальского региона на период до 2025 года, утвержденной Правительством РФ, предусматривается строительство автомобильного моста через Амур в районе Благовещенска. Проект строительства моста был впервые предложен в 1995 году. По разным причинам к его реализации так и не приступали: в 1998 году произошёл дефолт, в результате которого не выделялись средства на развитие проекта. В 2005 году проект не получил одобрения со стороны министра экономического развития и торговли. Кроме того, жителями города высказывались опасения относительно «угрозы захвата русской земли Китаем».

В конце 40-х годов XX века в Благовещенске было обнаружено кладбище динозавров. Кости рептилий на месте проведения карьерных работ нашёл обычный школьник. Он принес их в краеведческий музей и показал ученым, которые сразу заинтересовались уникальным местом. В 80-х годах активно велись раскопки, прервавшиеся затем на несколько лет. В последние годы над извлечением древних костей работали не только российские учёные, но и палеонтологи из Бельгии. С обнаружением кладбища, перспектива профессии палеонтолога и археолога стала востребованна. В АмГУ(Амурском Государственном Университете) создан факультет.

Не официально:
Город бурлит. Находящийся на противоположном берегу Амура китайский Хей-Хе предоставляет массу товаров широкого потребления по очень божеским ценам. Однако чтобы попасть в Китай двум бешенным туристам (мы с товарищем на выходные туда "сбегали") очередь в кассу и пункт контроля занимают с 7 утра (пункт перехода открывается в 9 утра).